Logiciel libre pour la chimie(Listée par Jérôme Pansanel.)
Cette page recense différents logiciels libres utiles à la recherche en chimie. Elle a été constituée dans le cadre du projet Logiciels Libres et recherche scientifique
| Nom | Description | URL | Licence |
|---|---|---|---|
| ChemCalc (22 apr 2002) | Un calculateur orienté chimie. | http://chemcalc.sourceforge.net | Version 0.01a: GPL |
| Chemeq (22 apr 2002) | Transcrit des équations chimiques en code LaTeX. | ftp://boltz.univ-littoral.fr/pub/chemeq | Version 1.10: GPL |
| Chemsuite (03 mar 2002) | Logiciel de dessin 2D/3D et de simulation de réactions chimiques. | http://chemsuite.seul.org | Version 0.0.7: GPL |
| Chemtool (22 apr 2002) | Chemtool est un petit programme de dessin de structures chimiques en 2D. | http://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool/chemtool.html | Version 1.5: GPL |
| CHIMP (22 apr 2002) | CHIMP est un outil générique pour la modélisation de phénomènes chimiques. is a generic tool for the modeling of chemical phenomena. A terme, des modules de modélisation de réactions chimiques, de mécanique moléculaire et de mécanique quantique seront implantés. Actuellement, CHIMP effectue des simulations dynamiques 'Monte Carlo' dans des réactions chimiques, et en particulier, en catalyse hétérogène. | http://chimp.sourceforge.net | Version NA: Claim that it will be released under the GNU GPL |
| DND (22 apr 2002) | DND est l'abréviation pour Dream aNd Dreamer. Le projet DND a pour but de construire une interface graphique pour la simulation de dynamique moléculaire basée sur l'utilisation de logiciel libre. | http://theopenlab.uml.edu/dnd | Version 0.5.1: GPL |
| Garlic (28 jul 2001) | Garlic est un programme libre de visualisation moléculaire, pour Unix et ses clones. Il permet aussi d'éditer les molécules visualisées. | http://pref.etfos.hr/garlic | Version 1.2: GPL |
| GDPC (15 nov 2002) | GDPC est un programme pour la visualisation de simulations de dynamique moléculaire.Il s'agit d'un logiciel très versatile et peut facilement être utilisé à d'autres finalités.GDPC lit des entrées en xyz et d'autres formats. Il permet aussi d'avoir des images en sortie. | http://www.physics.helsinki.fi/~frantz/software/gdpc.html | Version 2.1.2: GPL |
| GDIS (15 nov 2002) | GDIS est un logiciel basé sur GTK, qui permet l'affichage et la manipulation de molcules isolées, ou de systèmes périodiques. Malgré que ce logiciel soit encore en développement, il est déjà fonctionnel. | http://gdis.seul.org | Version 0.77: GPL |
| Ghemical (15 nov 2002) | Un logiciel de modélisation moléculaire avec de bons outils de visualisation 3D. | http://bioinformatics.org/ghemical | Version 0.90: GPL |
| GPeriodic (31 may 2002) | GPeriodic est un tableau pérodique des éléments pour GNU/Linux. Il permet de se 'ballader' dans le tableau périodique et de voir les informations détaillées de chaque élément. Actuellement, 118 éléments sont pris en charge. | http://gperiodic.seul.org | Version 1.3.3: GPL |
| JChemPaint (28 jun 2002) | JChemPaint est un éditeur de molécules.Il se veut complémentaire de JMol. | http://jchempaint.sourceforge.net | Version 1.2: GPL |
| JCML (28 jul 2001) | Le 'Chemical Markup Language' (CML) est une application XML pour le stockage et l'échange d'informations chimiques. La librairie utilise la 'Chemical Data Object Programming Interface' (CDOPI). | http://www.openscience.org/~egonw/cml | Version 1.2.6: GPL |
| Jmol (4 dec 2001) | Jmol est un éditeur et visualisateur de molécules. Jmol est un projet actif, et de nombreuses fonctionnalités lui seront encore ajoutées. Ce programme étant libre, les utilisateurs sont invités à le modifier, afin qu'ils correspondent parfaitement à leur besoin. | http://jmol.sourceforge.net | Version 1.2: GPL |
| KC (28 jul 2001) | KC transforme des équations chimiques dans des programmes de simulations. | ftp://fatou.ruc.dk/pub/kneth | Version 1.05: |
| Kemistry (04 fev 2003) | Kemistry est une collection de logiciels appliqués à la chimie pour KDE. | http://kemistry.sourceforge.net | Version 0.7: |
| KMol (15 nov 2002) | http://www.idiom.com/~tomi/kmol.html | Version 0.3.3: GPL | |
| KMovisto (10 fev 2003) | KMovisto est un visuealisateur de molécules, à utiliser en chimie quantique. Ce programme lit des fichiers GAUSSIAN 94 et GAUSSIAN 98 (obtainus à partir de systèmes UNIX ou MS Windows) ou XYZ, et affiche les molécules par une représentation du type 'ball and stick'. | http://members.tripod.de/PageOfMH | Version 0.5: GPL |
| Lennard (28 jul 2001) | Simulateur de Gaz Noble. | http://www.ibiblio.org/pub/Linux/science/chemistry | Version 1.1: GPL |
| MWCalc (28 jul 2001) | MWCalc est un calculateur de masse moléculaire, simple et fonctionnel. | http://savannah.gnu.org/projects/mwcalc/ | Version 1.0.1: LPGL |
| Moldy (15 nov 2002) | Moldy est un programme de simulation de dynamique molécualaire générique.Il est assez flexible pour qu'il puisse être utilisé sur un large champs de calculs de simulations atomiques, ioniques ou moléculaires. The system is specified at run time with a description file so there is no need to recompile when changing systems. The program handles much more of the bookkeeping than is traditionally done, keeping track of consistency of parameters, restart files, output trajectories and so forth. Sizing of arrays limits are all handled automatically. | http://www.earth.ox.ac.uk/~keith/moldy.html | Version 2.16: GPL |
| MOSCITO (15 nov 2002) | MOSCITO a été réalisé pour la simulation de dynamique moléculaire des systèmes à phase condensée, défini par des champs de force classique en mécanique moléculaire (AMBER, OPLS, CHARMM, GROMOS, ...). | http://ganter.chemie.uni-dortmund.de/MOSCITO/moscito_downl.shtml | Version 4.0: GPL |
| MPQC (15 nov 2002) | http://aros.ca.sandia.gov/~cljanss/mpqc/ | Version 2.1.2: GPL and LGPL | |
| NanoCAD (28 jul 2001) | NanoCAD utilise des techniques mathématiques de modélisations moléculaires pour simuler le comportement de molécules dans un navigateur web. | http://willware.net:8080/ncad.html | Version 1.1: BSD like |
| ORAC (20 jun 2002) | ORAC est un programme pour effectuer des simulations classiques de biomolécules. Les simulations peuvent être réalisées dans les ensembles thermodynamiques suivant : NVE, NPT, NHP, et NVT. | http://www.chim.unifi.it:8080/orac/ | Version 4.0: GPL |
| OSET (28 jul 2001) | OSET est un programme de Synthèse Organique Assistée par Ordinateur (SOAO) pour l'enseignement de la chimie organique, et l'analyse rétrosynthétique en particulier. | http://litio.pquim.unam.mx/caos/ | Version ?: GPL |
| VASP Viewer (28 jul 2001) | C'est un paquet de visualisation scientifique pour l'examen de fichiers générés par le logiciel 'Vienna Ab-initio Simulation Package' (VASP), un paquet qui réalise des dynamiques moléculaires par mécaniques quantiques ab-initio en utilisant des pseudopotentiels et une onde plane de base. | http://vaspview.sourceforge.net/ | Version 1.0.5: GPL |
| XDrawChem (6 fev 2003) | XDrawChem est un programme de dessins moléculaires en 2D pour les systèmes Unix et clones. Il a des fonctionnalités similaires à d'autres logiciels tel que ChemDraw (TM, CambridgeSoft). Il peut lire les file MDL Mol, ChemDraw (texte et binaire), permettant ainsi l'échange entre XDrawChem et d'autres applications en chimie. | http://www.prism.gatech.edu/~gte067k/xdrawchem | Version 1.6.4: GPL |
| XMakeMol (4 jun 2002) | XMakemol est un programme écrit pour des systèmes de type UN*X en C (Il utilise les librairies X, Xt et Motif). Il permet de voire et manipuler les molécules entrées en format xyz. | http://vegemite.chem.nottingham.ac.uk/~xmakemol | Version 5.05: GPL |
| PyMOL (15 nov 2002) | PyMOL est un système de représentations de molécules en 3D, écrit en Python. Il permet la visualisation en temps réel, ainsi que la génération d'images et d'animations de hautes qualités. | http://pymol.sourceforge.net | Version 0.84: BSD like |
| BigMAC (16 jan 2002) | Configurational-Bias Monte Carlo of Linear Alkanes. | http://molsim.chem.uva.nl/bigmac | Version 1.0: GPL |
| 2D-Numerical (16 jan 2002) | Un programme numérique Hartree-Fock pour des molécules diatomiques. | http://staff.csc.fi/~laaksone/Num2d.html | Version ?: GPL |
| Ballroom (16 jun 2002) | BallRoom est un outil de visualisation de particules. Il affiche des balles (sans batons), et utilise une représentation projetée en 2D (Ce n'est pas de la 3D réelle). | http://www.fisica.uniud.it/~ercolessi/ballroom.html | Version 7.4: GPL |
| B (16 jan 2002) | B est logiciel écrit en Java, permettant la modélisation on-line de biomolécule. Il est utile pour la génération initiale de biopolymères ou de petites molécules organiques. | http://www.scripps.edu/~nwhite/Biomer | Version 1.0: GPL |
| OpenBabel (6 feb 2002) | Le projet OpenBabel, destiné à compléter Babel, est un ensemble de programmes et de bibliothèques permettant l'interconversion entre différents types de fichier utilisés en modélisation moléculaire et en chimie informatique. | http://openbabel.sourceforge.net | Version 1.99: GPL |
| PolyXmass (15 nov 2002) | Ce programme est réalisé pour faire de l'analyse/prédiction de spectres de masse sur une multitude de polymères. | http://www.polyxmass.org | Version 0.10: GPL |
| JOELib (17 nov 2002) | JOELib est une bibliothèque de chimie computationelle, avec le support de recherche de substructures SMARTS, calcul de description, tuyau de calcul/filtrage, conversion dans de nombreux formats de fichiers. | http://joelib.sourceforge.net/ | Version 2002-11-17: GPL |
| Abinit (17 jul 2002) | Abinit est un logiciel permettant de trouver l'énergie totale, la densité de charge et la structure électronique de systèmes composés d'électrons et de noyaux (molécules et solides périodiques), grâce a la Théorie de la Densité Fonctionnelle (DFT), en utlisant des pseudopotentiels et une onde de base plane. | http://www.abinit.org | Version 3.4: GPL |
| Parsemol (30 Jul 2002) | Ce programme permet de découper les fichiers de structures issus de la base de données de structures radiocristallographiques de Cambridge. | http://www.pansanel.net/linux/mwcalc.html | Version 0.6: LGPL |
| PWSCF (13 Oct 2002) | PWSCF (Plane-Wave Self-Consistent Field) est un ensemble de programmes pour les calculs de structures électroniques par la théorie de la densité fonctionnelle et la théorie de perturbation de la densité fonctionnelle, avec l'utilisation d'un ensemble basique d'ondes planes et de pseudopotentiels. | http://www.sissa.it/cm/PWcodes | Version 1.1.2: GPL |
| BKchem (15 nov 2OO2) | BKchem est un programme permettant le dessin de molécules, écrit en Python. | http://www.nongnu.org/bkchem/ | Version 0.4: GPL |
| Kalzium (09 fev 2003) | Kalzium est une application permettant d'obtenir des informations sur les éléments du tableau périodique des éléments. | http://edu.kde.org/kalzium/ | Version 0.6: GPL |
| Xem (6 fev 2003) | Ce logiciel permet de dessiner très rapidement des courbes de dosages acido/basiques. | http://www.linux-france.org/prj/xem/ | Version 0.3: GPL |
| Gromacs (10 fev 2003) | GROMACS est un ensemble de logiciels réalisant des calculs de dynamique moléculaire, comme la simulation d'équations de Newton pour le mouvement d'un système comportant plusieurs millions de particules. | http://www.gromacs.org/ | Version 3.1.4: GPL |